Karaburun Yarımadası Anadolu' nun en eski yerleşim yerlerinden biridir. Kalkolitik Çağda başlayan yerleşim, Antik Çağ'da en parlak dönemlerini yaşamış ve İyon Uygarlığının en önemli ve en zengin kentlerinden olan Erythrai'ye bağlı 5 kent Yarımada üzerinde kurulmuştur. Bunlardan birisi olan Sidusa, bugün İlçe Merkezi olan ve eski adıyla Ahırlı olarak bilinen Karaburun ve adalar üzerinde yer almaktaydı. O dönemden itibaren yerleşimin sürekli olduğu bu yöre, değişik uygarlık ve egemenliklerin hükümdarlığında sürdürdüğü varlığını 1320 yılında Çaka Bey tarafından alınıp Aydınoğulları egemenliğine sokularak artık Türk kimliğiyle devam ettirmiştir.1415 yılında Çelebi Sultan Mehmet tarafından Osmanlı Devletine bağlanmıştır.

Karaburun (Ahırlı) 1902 yılında Belediye olmuş, 1910 yılında da İlçe sıfatını kazanmıştır. Birinci Dünya Savaşı sonrası 15 Mayıs 1919 tarihinde Yunan kuvvetleri tarafından işgal edilmiş, 17 Eylül 1922 tarihinde de yeniden özgürlüğüne kavuşmuştur. Bu tarihten sonra Karaburun İlçesi ismini alarak, Karaburun Yarımadası ile neredeyse tam uyumlu bir İlçe sınırı çizen bugünkü idari yapısına kavuşmuştur.

​